Grundlage für die Lohnsteuer (LSt) sind im Bauunternehmen die Einkünfte von den Arbeitnehmern aus nicht selbstständiger Arbeit. Der Form nach entspricht sie der vom Arbeitslohn erhobenen Einkommensteuer (ESt), wobei dem Arbeitslohn alle Zahlungen oder sonstigen Zuwendungen des Arbeitgebers an seine Beschäftigten zuzurechnen und somit steuerpflichtig sind. Ausnahmen sind in engen Grenzen möglich, beispielsweise für steuerfreie Aufmerksamkeiten des Arbeitgebers und Sachzuwendungen an Arbeitnehmer, solange sie zusätzlich zum ohnehin geschuldeten Arbeitslohn gewährt werden. Im Schreiben des Bundesministeriums der Finanzen (BMF) vom 5. Februar 2020 zur "Gewährung von Zusatzleistungen" wird hervorgehoben, dass nur echte Zusatzleistungen des Arbeitgebers steuerbegünstigt sein können, was z. B. eine Gehaltsumwandlung ausschließt. Tarifgebundener verwendungsfreier Arbeitslohn kann nicht zu Gunsten bestimmter steuerbegünstigter Leistungen herabgesetzt oder umgewandelt werden. Die Lohnsteuer ist keine selbstständige Steuer, sondern eine besondere Erhebungsform der Einkommenssteuer. Steuerschuldner für die Lohnsteuer ist der Arbeitnehmer. Die Berechnung der Sache und Höhe nach erfolgt jedoch vom Arbeitgeber, der dann auch zur Abführung der Lohnsteuer an das Finanzamt verpflichtet ist. Für den Unternehmer ist die Lohnsteuer praktisch ein durchlaufender Posten.
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Für den Unternehmer ist die Lohnsteuer unter mehreren Aspekten zu sehen:
Die Berechnung und Einbehaltung der Lohnsteuer ist eine Verwaltungstätigkeit, die der Arbeitgeber im Interesse des Staates durchzuführen hat. Sie erfordert ein hohes Maß an Genauigkeit, denn der Arbeitgeber haftet für die korrekte Einbehaltung und Abführung und kann nach § 42g Einkommensteuergesetz (EStG) für zu wenig einbehaltene Lohnsteuer in Anspruch genommen werden.
Der Leistungsanreiz für den Arbeitnehmer ist letztlich sein Nettoverdienst, d. h. sein Geldeinkommen nach Abzug der Lohnsteuer und der Beiträge zur Sozialversicherung. Das Bauunternehmen sollte durchaus bemüht sein, lohnsteuerliche Vergünstigungen nach Steuerrecht auszuschöpfen, um dem Arbeitnehmer steuerfreie oder steuerbegünstigte Vorteile zukommen zu lassen. Das betrifft besonders Möglichkeiten der Übernahme durch den Arbeitgeber sowie Lohnsteuerpauschalisierungen z. B. bei geringfügiger Beschäftigung, Sachbezugswerten, Fahrtkostenabgeltungen, von Verpflegungsmehraufwendungen, Erholungsbeihilfen u. a. Für die Ermittlung der Lohnsteuer sind Lohnsteuertabellen vorgeschrieben, je nach Lohnzahlungszeitraum ist entweder die Jahres-, Monats-, Wochen- oder Tageslohnsteuertabelle anzuwenden. Der Spitzensteuersatz, der Eingangssteuersatz sowie auch der Grundfreibetrag wurde in den letzten Jahren wiederholt verändert. Die Lohnsteuerklassen berücksichtigen den Familienstand und mögliche Kinderfreibeträge.
Die Lohnsteuer ist vom Bauunternehmer als Arbeitgeber nach § 41a Einkommensteuergesetz (EStG) bis spätestens 10. Kalendertag dem Betriebsstättenfinanzamt in einer Steuererklärung mit den Summen der im Lohnsteuer-Anmeldungszeitraum einzubehaltenden Lohnsteuer anzugeben und abzuführen. Anmeldezeitraum ist grundsätzlich der Kalendermonat. Beträgt die abzuführende Lohnsteuer für das vorangegangene Kalenderjahr mehr als 1.080 €, aber nicht mehr als 5.000 €, dann gilt das Kalendervierteljahr für den Anmeldezeitraum. Das hat ausschließlich auf elektronischem Weg (ELSTER) zu erfolgen.
Für den Lohnsteuerabzug sind die elektronischen Lohnsteuerabzugsmerkmale nach ELSTAM als Ersatz der früher von den Gemeinden ausgestellten Lohnsteuerkarte heranzuziehen. Sie werden auf Veranlassung des Arbeitnehmers automatisiert durch das Bundeszentralamt für Steuern gebildet. Für den Lohnsteuerabzug im Verfahren der elektronischen Lohnsteuerabzugsmerkmale nach ELSTAM sind ab 2019 die Vorschriften und verfahrensrechtlichen Schritte nach den Aussagen im Schreiben des Bundesministeriums der Finanzen (BMF) vom 8. November 2018 (veröffentlicht im Bundessteuerblatt I 2018, S. 1137) zu beachten und anzuwenden. Der Arbeitgeber erhält die für den Lohnsteuerabzug wichtigen Merkmale nach § 39 im EStG unmittelbar von der Finanzverwaltung. Vom Bauunternehmen sind die Daten zu Beginn des Arbeitsverhältnisses des Arbeitnehmers online abzurufen und auf das Lohnkonto zu übernehmen, wozu das Unternehmen monatlich verpflichtet ist. Die Lohnsteuerabzugsmerkmale sind für den Arbeitnehmer in der Lohnabrechnung auszuweisen.
Für die Berechnung der Lohnsteuer sind weiterhin folgende Aspekte von Bedeutung und vom Unternehmen zu berücksichtigen:
Dauer des Dienstverhältnisses,
Art und Höhe des gezahlten Bruttoarbeitslohns,
steuerbegünstigte Versorgungsbezüge,
vermögenswirksame Leistungen und Arbeitnehmersparzulage,
Arbeitnehmerbeiträge zur gesetzlichen Sozial-, Renten-, Arbeitslosen- und Pflegeversicherung,
Arbeitgeberleistungen für Fahrten zwischen Wohnung und Arbeitsstätte,
Art und Höhe des Arbeitslohns, die steuerfreien Bezüge, die Lohnsteuer- und Kirchensteuer-Beträge,
einen Lohnsteuer-Jahresausgleich vornehmen,
zur Lohnsteuer-Außenprüfung Unterlagen und Auskünfte gewähren u. a.
Neben dem jährlich vorbestimmten Grundfreibetrag nach § 32a EStG sind bei der Lohnsteuerberechnung auch noch ein Werbungskostenpauschbetrag nach § 9a Satz 1 EStG, eine bruttolohnbezogene Vorsorgepauschale und ein Pauschalbetrag für sonstige Sonderausgaben nach § 10c EStG von Bedeutung und zu berücksichtigen.
Gemeinsam mit der Lohnsteuer ist der Solidaritätszuschlag als Ergänzungsabgabe vom Arbeitslohn einzubehalten und an das Finanzamt abzuführen. Die Berechnung erfolgt mit einem Prozentsatz (z. Z. 5,5 % mit Absenkung bzw. Teilwegfall ab 2021) ) vom Betrag der einbehaltenen Lohnsteuer. Weiterhin sind die großen Religionsgemeinschaften nach Landesrecht berechtigt, von ihren Mitgliedern Kirchensteuer zu erheben. Die Kirchensteuer wird als Zuschlag zur Einkommensteuer bzw. Lohnsteuer berechnet, sie beträgt je nach Bundesland zwischen 8 und 9 % der Einkommen- bzw. Lohnsteuer. Die Kirchensteuer ist ebenfalls vom Arbeitgeber einzubehalten und an das zuständige Finanzamt abzuführen. In Verbindung mit der Einkommen- und Lohnsteuer sind auch die geldwerten Vorteile zu versteuern, im Bauunternehmen vor allem zum geldwerten Vorteil bei PKW-Nutzung aus der Überlassung von Firmen-Pkw an Arbeitnehmer neben dem dienstlichen auch für den privaten Gebrauch. Neben der noch angewandten 1 %-Regelung können bei Elektro- und Hybridelektrofahrzeugen auch geringere Prozentsätze (von 0,5 % und 0,25 %) herangezogen und auf volle 100 € des abgerundeten Listenpreises des Pkw für die Berechnung des geldwerten Vorteils bezogen werden. Zusätzlich ist noch ein Betrag für die Fahrten zwischen Wohnung und Arbeitsstätte ansetzbar, der vom Arbeitgeber je Entfernungskilometer 0,30 € mit 15 % pauschal versteuert bzw. übernommen werden kann. Besonderheiten sind zur Lohnsteuer bei geringfügiger Beschäftigung sowie bei kurzfristiger Beschäftigung und Teilzeitbeschäftigte mit Änderungen ab 1. Januar 2020 nach § 40a im EStG zu beachten. Danach erhöhen sich für die zulässige Pauschalisierung der Lohnsteuer bei kurzfristiger Beschäftigung mit 25 % die Arbeitslohngrenzen während der Beschäftigungsdauer für: Neu aufgenommen wurde ab 1. Januar 2020 der Abs. 7 im § 40a im EStG. Danach kann die Lohnsteuer für kurzfristige, im Inland ausgeübte Tätigkeiten eines beschränkt steuerpflichtigen Arbeitnehmers, der einer ausländischen Betriebsstätte des Arbeitgebers zugeordnet ist, für die im Inland ausgeübte Tätigkeit mit einem Pauschsteuersatz von 30 % erhoben werden.