Das Schlusszahlungsprotokoll legt nach Rechnungsprüfung den endgültigen Zahlungsbetrag einer Bauleistung fest – auch bei Teilabnahmen.
Was ist ein Schlusszahlungsprotokoll?
Nach der Fertigstellung oder Abnahme einer Bauleistung stellt der Bauunternehmer seine Schlussrechnung. Der Bauherr (Auftraggeber) prüft diese Rechnung und ermittelt anschließend den endgültigen Zahlbetrag. Das Ergebnis dieser Prüfung wird meist in einem Schlusszahlungsprotokoll festgehalten. Es zeigt, wie sich der zu zahlende Betrag zusammensetzt – einschließlich eventueller Abzüge oder Gegenforderungen. In der Praxis wird dieses Dokument auch Schlusszahlungsanzeige oder Vereinbarung zur Schlussrechnung genannt.
Der Auftraggeber erstellt das Protokoll und sendet es dem Auftragnehmer zu. Genauso wird oft zwischen Auftragnehmer und seinen Nachunternehmern verfahren. So ist für alle Beteiligten nachvollziehbar, welcher Betrag endgültig gezahlt wird. Ein solches Zahlungsprotokoll kann auch bei Teilabnahmen erstellt werden – also für bereits abgeschlossene Leistungsabschnitte, die unabhängig vom restlichen Bauvorhaben endgültig abgerechnet werden. 
Ein Schlusszahlungsprotokoll fasst den endgültigen Zahlbetrag einer Bauleistung nach Prüfung der Schlussrechnung zusammen.
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Aussagen im Schlusszahlungsprotokoll
In der Schlussrechnung zu einer Baumaßnahme ist die gesamte Abrechnungssumme für die ausgeführten Leistungen auszuweisen. Wurden während der Bauzeit bereits Abschlagsrechnungen gestellt und bezahlt, sind bei der Schlusszahlung die erfolgten Abschlagszahlungen abzusetzen. Zu berücksichtigen sind Vereinbarungen zu einem Preisnachlass und Abzug eines Skontos. Zahlungsminderungen können sich nach der Prüfung zur Schlussrechnung ableiten, z. B.:
Vertraglich kann zur Baumaßnahme vereinbart sein, dass der Auftraggeber:
Wurden vom Auftragnehmer dazu vereinbarte Beträge nicht bereits in der Rechnungslegung berücksichtigt, sind sie dann bei der Schlusszahlung abzusetzen.
Liegt vom Auftragnehmer zur Baumaßnahme keine Freistellungsbescheinigung nach § 48 Abs. 1 im Einkommensteuergesetz (EStG) vor, hat der Auftraggeber die vorgeschriebene Bauabzugssteuer bei der Zahlung abzuziehen und abzuführen. Bestätigung und rechtliche Wirkung
Die Behandlung zum Schlusszahlungsprotokoll kann von den Vertragspartnern vereinbart werden. In der Vereinbarung sollte durch die Vertragspartner verbindlich bestimmt werden, dass durch die Partner weitere gegenseitige Forderungen ausgeschlossen sind. Hiervon ausgenommen sind in der Regel Forderungen aus eventuellen Mängelansprüchen des Auftraggebers.
Bei einer gemeinsamen Unterzeichnung des Protokolls durch die Vertragspartner kann es als ein „deklaratorisches negatives Schuldanerkenntnis“ gewertet werden. Als Folge wären dann weitergehende Vergütungsansprüche nicht mehr durchzusetzen. Das wurde in einem Urteil des Kammergerichts Berlin vom 15. Mai 2025 (Az.: 21 U 121 / 24) bekräftigt.
„Der Auftragnehmer sollte prüfen, welche nicht zu vergütenden Teilleistungen nach dem Schlusszahlungsprotokoll des Auftraggebers von ihm akzeptiert werden. Das ist besonders dann von Bedeutung, wenn im Protokoll nach anerkannten und abgelehnten Teilleistungen unterschieden wird. Bei einer gemeinsamen Unterzeichnung des Protokolls kann danach angenommen werden, dass nachträglich abgelehnte Teilleistungen nicht mehr strittig sein können.“ Zahlungserklärungen des Auftraggebers
Bei einem VOB-Vertrag sollte der Auftragnehmer nach § 16 Abs. 3 in VOB Teil B mit dem Schlusszahlungsprotokoll nicht nur über die Schlusszahlung schriftlich informiert, sondern zugleich auch über Ausschlusswirkungen hingewiesen bzw. belehrt werden. Details dazu lesen Sie im Beitrag „Schlusszahlungserklärung“. Ebenso sollte der Auftragnehmer auf die gleiche Weise mit seinen Nachunternehmern verfahren.
Nimmt der Auftragnehmer dann die Schlusszahlung des Auftraggebers vorbehaltlos an, verliert er ggf. bedeutsame Rechte, z. B. über Nachforderungen. Dem Auftragnehmer steht aber das Recht zu, innerhalb von 28 Tagen nach Zugang der Erklärung einen Vorbehalt zur Schlusszahlung vorzubringen. Schlusszahlungsprotokoll – ein Beispiel
Dem folgenden Beispiel liegt eine Baumaßnahme mit VOB-Vertrag zugrunde. Der Auftragnehmer legte eine Bruttorechnung an den Auftraggeber, der dann nicht als Steuerschuldner für die Umsatzsteuer nach § 13b Umsatzsteuergesetz (UStG) gilt.
Erfolgt eine Rechnungslegung durch einen Nachunternehmer an einen General- bzw. Hauptunternehmer als Auftraggeber, dann wäre die Steuerschuldnerschaft für Bauleistungen zu beachten. In diesem Fall legt der Nachunternehmer eine Schlussrechnung nur in Höhe des Nettobetrags vor. Eine Durchrechnung im Schlusszahlungsprotokoll kann dann analog mit Nettobeträgen erfolgen. 
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